一般可在番茄侧枝长度达到5cm时疏除，疏除时间不宜过早以及过晚，因为在侧枝过小时，它所制造的营养会大于消耗的营养，此时疏除，无法很好的利用营养，因此不宜疏除。
若过晚疏除，当侧枝长到5cm以上后，不仅会与主枝争夺营养，而且还会导致侧枝的韧皮部老化，并在疏除的过程中，极易弄破主枝表皮，影响主枝的生长。不过对于番茄每穗花下部的侧枝，建议在长约3cm时疏除。
一、摘除番茄侧枝的方法
1、侧枝不可疏除过早
（1）番茄侧枝过小时，其所制造的营养大于消耗的营养，所以这时不应该将其疏除。
（2）为利用侧枝制造的营养，以侧枝长5厘米左右时疏除为宜。而对于番茄每穗花下部的侧枝则应适当早疏除，应在长3厘米左右时就疏除。
2、侧枝疏除不能过晚
（1）如果番茄侧枝摘除过晚，侧枝长5厘米以上，就会与主枝争夺养分，并且长势也会逐渐超过主枝。
（2）侧枝疏除过晚还会造成侧枝的韧皮部老化，因为侧枝与主枝的韧皮部连接紧密，在疏除侧枝时容易将主枝的表皮弄破，给番茄生长造成影响。
二、番茄整枝技术
1、单干整枝法
（1）在种植番茄时，如果是密植栽培，那么则适宜使用单干整枝法。
（2）单干整枝法可以促进番茄尽快早熟，操作起来也比较简单，不过其用苗量是比较大的。
（3）在进行单干整枝的时候，每株番茄植株只需要保留一个主干即可。将所有的侧枝摘除，然后在种植生产中，主干保留5-10个左右的果穗。
2、双干整枝法
（1）双干整枝法需要在单干整枝上多操作一步，除了保留植株的主干之外。
（2）还要注意选择保留一个侧枝，将其培养成第二主干，促使可以成为结果枝。
（3）然后再将多余的侧枝以及双干上的再生枝剪除。双干整枝适合用于种植较稀的田块，操作起来也比较简单，而且用苗量也不大。
（4）在生产时，通常每个主干保留5个果穗左右进行摘心。
3、单干换头整枝
（1）单干换头整枝方法也是要以单干整枝法为基础。在主干果穗数量达到5个左右的时候，要做好摘心工作。
（2）然后在顶端果实开始膨大的时候，在植株偏顶部的地方选择保留一个侧枝让其继续生长。
（3）并且也要在长出5果穗的时候进行摘心。这样操作可以让果实加快膨大速度，防止植株出现徒长现象。
4、连续摘心
（1）连续摘心也是要以单干整枝为主，在果实结出3果穗左右的时候。便可开始对主干进行打顶摘心工作，主干要将其扭到一侧让其下垂生长，然后在主干下方再选留一个侧枝，将其作为主干进行培育。
（2）等到二主干结出3果穗的时候，再重复之前的工作，并且再依此向后类推。达到层次坐果的目的，也适用与稀植地块，可提高早期的产量，避免徒长，不过需要一定操作技术，也比较麻烦。
