增强水产物的抵抗力：em菌可以让水产动物肠道中的有益菌加快繁殖，增强其消化和吸收能力，同时还可以提高它们的免疫力、抗病能力。
调节水质：em菌在水中会形成优势种群，将水产动物的代谢物、食物残渣分解掉，继而减少水中的有毒物质。有机物被分解后，浮游植物就能获得养分，当它们进行光合作用时，会释放氧气，为水产动物营造出适宜的生长环境，形成良性循环。
一、em菌在水产养殖中的作用
1、增强水产物的抵抗力
（1）在水产物的饲料中合理的添加EM菌，利于水产物肠道中有益菌的生长繁殖，使得水产物可以更好的消化和吸收营养物质。
（2）同时em菌还能够激活免疫系统，从而增强水产物的抗病能力。
2、调节水质
（1）当em菌进入水体之后，便会快速生长繁殖并形成有益菌优势种群，而有益菌又可以分解掉水产物的代谢物以及食物残渣，从而降低水体中有毒物质的浓度。
（2）而且当水体中的有机物被分解之后，还可以为浮游植物提供生长所需的营养物质，使得浮游植物能够更好进行光合作用，随后便会为水产物提供大量的氧气并形成一个良好的循环，使得水体呈“活、肥、爽、嫩”的状态，为水产物提供一个良好的生长环境。
二、em菌的使用注意要点
1、不可与抗生素以及杀菌剂混合使用，使用间隔应在4-6天时。
2、用em菌发酵时，一定要密封好，否则不能发酵成功。
3、em菌在打开后不可长期保存，需尽快使用。
4、使用em菌原液制作饲料时，同时按照要求在水面和干池喷洒稀释的em菌原液。
