1、因地制宜：含硫较高的土壤以及锈水田，不宜施用生物菌肥。如果是翻浆的水田，推荐采用喷施的方式使用菌肥。
2、因温制宜：菌肥使用适宜温度为25-37℃，适宜土壤含水量为60-70%。
3、因混制宜：菌肥不能与杀菌剂、杀虫剂、除草剂、含硫化肥、稻草灰、未腐熟农家肥混用。
4、因量制宜：一般在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天左右使用生物菌肥。
一、使用菌肥要注意什么
1、因地制宜
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，由于硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，通常不用撒施，用喷雾的方式效果更明显。
2、因温制宜
施用菌肥的温度是25℃-37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜土壤的含水量是60％-70％。
3、因混制宜
应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，由于这些药、肥非常容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应避免与未腐熟的农家肥混肥。
4、因量制宜
对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不可大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不可减少。
5、因时制宜
生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果较好。
二、使用菌肥的基本原则
1、微生物菌肥的基本作用
（1）提高肥料利用率：菌肥能分解土壤中被固定的磷、钾元素，并把它们释放出来，供作物吸收利用。
（2）改良土壤：菌肥施入土壤中后，不但补充了大量的有机质，从根本上改善了土壤及根系周边的生态结构。
（3）调节植株生长：菌肥在土壤中会产生一些代谢产物，能刺激作物体内产生大量的赤霉酸、生长素、细胞分裂素等植物生长调节剂，调节作物的生长发育。
2、使用基本原则
（1）让菌能活下去
提供必要生长条件，包含营养、水分、温度、酸碱度等。保持一定的有益菌种群优势。
（2）让菌能好好干活
更大限度的让微生物在有用的位置（根系周围）、恰当的时间产生积极作用（早用早好、多次使用）。
